说到吴道南的为官清正廉明，还不得不提他检举揭发科举贪腐的事迹。

万历四十四年（1616年），吴道南担任会试主考官。吴江举人沈同和，是副都御使沈季文的儿子，目不知书，却贿赂礼部的官吏，跟同乡赵鸣阳的号舍相连。他的首场七篇文章，除抄自书坊刻印的以外，都出自赵鸣阳的手笔。发榜了，沈同和和赵鸣阳都考上了，京城里因此大闹起来。

吴道南多次检举，皇帝下命令复试。沈同和一整天才写出一篇文章，于是，吴道南立即将他法办，发配边疆充军，赵鸣阳也予以除名。其时，由于神宗皇帝长期怠政，朝廷出现了各自营私结党的政治局面。以前的汤伊科场案，也是吴道南检举的，得罪了不少人。因此，汤伊的同党对吴道南恨至入骨。

沈同和科场案暴发后，御使李嵩、周师旦等联名上疏弹劾吴道南，给事中刘文炳对吴道南的攻击尤其激烈。吴道南上疏自辩，进言：“台谏弹劾内阁臣子，是职责，但没有肆口辱骂的。臣使国家遭受侮辱极其严重，请立刻罢黜。”随后，在御史韩浚、朱堦的联名诋毁下，吴道南更加要求辞官。此后的一年多时间里，吴道南闭门不出，连上27道辞章，但神宗皇帝始终鼓励和挽留他。直到次年七月，吴道南继母亡讯传至，神宗皇帝才赐给盘缠，并派人护送吴道南回乡守孝。

万历四十八年（1620年）八月，神宗皇帝驾崩，光宗继位，改泰昌元年。天启初年(1621年)进太子太保，下诏加吴道南禄秩，望其再度辅政。然而，此时的吴道南已重病在身，他带病所作的《大政议》12条，也因此成为他的绝笔。两年后，吴道南病卒。被光宗皇帝追赠为太子少保衔，赐谥号“文恪”，从祀乡贤祠。