清顺治二年（1645），江南抗清义军纷起。在嘉定义军先后三次遭清兵镇压，死伤数万人（史称“嘉定三屠”）后，更激起汉、满民族矛盾。揭暄与其父衷熙、好友何三省（明广东提学使）、骆而翔（明顺庆府推官）举义兵，在闽、赣边境的建宁、广昌、长汀一带抗击清兵，与南明兵部侍郎揭重熙领导的抗清大军互为犄角之势。三年，揭暄所部归明唐王朱聿键节制。他向唐王上言天时、地势、人事及攻守战御机要等策被采纳，被授以兵部职方司主事，一年后，调为宣谕使吴炳副手，前往江西安抚阎罗总诸营，到瑞金时闻父殉难，悲痛而归。此后遂隐居不仕。

隐居期间，清康熙帝屡召他入仕，他以年迈推辞。潜心研究，考据精核，著述涉及军事、天文、历史、地理、哲学等诸多领域，其真知灼见，为海内外学者所推崇。讲学于豫章、青原书院，与易堂程山、宁化李世熊、桐城方以智等交游，致力于著述